出国命令対象者（対象の範囲については出国命令を参照のこと）は、第1次的には出国命令手続で出国することとなる。もっとも、出国期限内に出国しなかった場合、出国命令の際に付された条件に違反したため出国命令を取り消された場合には、退去強制手続によることになる。
一方、退去強制手続の途中で出国命令対象者であることが判明した場合には、出国命令手続に移行する（47条2項、48条7項、49条5項、55条の3）。
退去強制の手続は、違反調査→収容→審査→口頭審理→異議の申出→退去強制令書の発付→退去強制令書の執行の流れで行われる
入国警備官が、容疑者に退去強制事由に該当すると疑うに足りる相当な理由があり、またその外国人が出国命令対象者に該当しない場合には、主任審査官に収容令書の発付を請求する。主任審査官がこれを認めて収容令書を発付した場合、入国警備官は、容疑者に収容令書を示して容疑者を収容場等に収容することができる。収容の期間は30日以内であるが、やむを得ない事由があるときには30日を限り延長することができる。
実務上は、退去強制事由に該当する場合であっても、帰国の意思をもって自ら地方入国管理局等へ出頭し、自力で帰国できる見込みがある者に対しては、入管法違反以外に犯罪の嫌疑がなければ、身柄の拘束は行わず在宅での取調べとなることも多い。
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入国警備官は、容疑者の収容後48時間以内に、調書及び証拠物とともに，当該容疑者を入国審査官に引き渡す。引渡しを受けた入国審査官は、受け取った調書及び証拠物を精査し、容疑者から事情を聴取するなどして、容疑者が退去強制事由に該当するかについて審査を行う。審査の結果、退去強制事由がないと認定された場合には、直ちに容疑者は放免される。出国命令対象者であると認定された場合には出国命令手続に移行し、容疑者は出国命令を受けたら直ちに放免される。容疑者が退去強制対象者に該当すると認定された場合には、その旨と口頭審理を受ける権利を告知される。容疑者が認定に服した場合には、主任審査官により退去強制令書が発付される。